محمد خاتمی، رئیس‌جمهور اسبق ایران نامه‌ای مفصل خطاب به علی خامنه‌ای نوشته که جزئیات آن به صورت رسمی منتشر نشده است. محمدجواد حق‌شناس، عضو شورای شهر تهران به خبرگزاری ایلنا گفت که نامه حدود دو ماه پیش نوشته شده است. او درباره محتوای این نامه گفت که درباره «دغدغه‌ها و آینده انقلاب و کشور» بوده و «برای دهه پیش رو راه‌حل‌هایی ارائه کرده ‌است.»
در مقابل، دفتر محمد خاتمی با انتشار اطلاعیه‌ای ضمن تایید نگارش این نامه گفت که صحبت‌ها در مورد محتوای آن «گمانه‌زنی و حدسیات» است. در این نامه تلویحا اعلام شده است که خاتمی در مناسبت‌های دیگر و بر اساس «دغدغه‌های خود» نامه‌های دیگری هم نوشته است.
رابطه علی خامنه‌ای با محمد خاتمی پس از اعتراضات به تقلب انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۸ قطع شده است. این دو در ۱۱ سال گذشته با هم دیداری نداشته‌اند و اکنون مشخص شده است که ارتباط محمد خاتمی با علی خامنه‌ای در این مدت به نامه‌نگاری محدود بوده است. اطلاع دقیقی در مورد پاسخ به این نامه‌ها تاکنون منتشر نشده است و به نظر می‌رسد این نامه‌ها یک‌سویه بوده است.
علی خامنه‌ای و هوادارانش محمد خاتمی را در کنار اکبر هاشمی رفسنجانی، میرحسین موسوی و محمدتقی کروبی از «سران فتنه ۱۳۸۸» می‌دانند. در سال ۱۳۹۷ وقتی که محمد خاتمی از آشتی ملی سخن گفت علی خامنه‌ای بدون اشاره مستقیم به نام خاتمی آن پیشنهاد را «یکسره بی‌معنا» خواند و گفت «مردم با فتنه‌گران عاشورای ۸۸ آشتی نخواهند کرد».